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Ce blog pédagogique d'histoire-géographie et d'éducation morale et civique (E.M.C.) tire son nom d'un terme issu du parler gaga (le parler stéphanois) ; le cafuron (window in english !) est une lucarne ou un oeil de boeuf éclairant un réduit. Ce blog s'adresse tout autant aux élèves du lycée Jacob Holtzer (Firminy- Loire) qu'à un public plus large. Bonne visite !

13 Jan

La notion de communauté savante, communauté scientifique en histoire des sciences

Publié par Louis BRUN  - Catégories :  #Histoire-Géographie-Sciences Politiques - Géopolitique

Comment s’élabore la connaissance scientifique ?

Exercice 1. Des sociétés savantes à la communauté scientifique

 

1. Présentez le document 1 p. 458 (aidez-vous de la vidéo commentée sur le site l’histoire par l’image - lien ci-dessous)

2. A l’aide du document 1 p. 458, essayez de définir les caractéristiques principales d’une société savante.

3. Dites dans quelle mesures ces salons littéraires, ces sociétés savantes préfigurent la communauté scientifique (documents 1 et 3 p. 458 et 459)

4. A l’aide du document 2 p. 458 et de la carte ci-dessous, dites quelles sont les conditions nécessaires permettant l’essor des sociétés savantes.

5. Dites comment il est possible de définir aujourd’hui ce qu’est la communauté scientifique (document 5 p. 459)

cliquez sur le lien ci-dessous pour accéder à l'animation

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Les académies en Europe au XVIII° siècle

Les académies en Europe au XVIII° siècle

Exercice 2. La communauté scientifique face au Covid 19

 

1. A l’aide du document 1, montrez comment la communauté scientifique s’est mobilisée, dès le début de l’épidémie contre le Covid-19 (Vous montrerez à quelle échelle se fait la mobilisation ainsi que les acteurs et  les outils qui sont mobilisés pour mutualisés les travaux).

2. En prenant l’exemple du débat sur l'hydroxychloroquine, expliquez pourquoi la position de Didier Raoult est critiquée par la communauté scientifique (document 2)

Document 1. La mobilisation de la communauté scientifique contre le virus

 

Partout dans le monde, depuis la notification par la Chine de cas suspects adressée à l’Organisation mondiale de la santé (OMS), le 31 décembre, des épidémiologistes, des virologues, des biologistes structuraux, des généticiens tentent de cerner ce nouveau coronavirus pour mieux le combattre et le défaire. En témoigne l’impressionnante production d’articles scientifiques, d’abord essentiellement chinoise, mais en phase massive de diversification internationale : on compte vingt articles scientifiques consacrés quotidiennement au nouveau coronavirus.

En France, un consortium spécialisé sur les maladies émergentes, REACTing, créé en 2013 et piloté par l’Inserm, a été réactivé. Il est au centre du dispositif. A la fois pour assurer une veille sur ce flot incessant d’études, mais surtout pour coordonner les travaux des équipes françaises, impliquant l’ensemble des disciplines, y compris les sciences humaines et sociales et les sciences politiques. Son comité scientifique a choisi vingt projets, autour de quatre thématiques : la recherche à visée diagnostique, clinique et thérapeutique, l’épidémiologie, la recherche fondamentale et les sciences humaines et sociales.

Mais le cercle s’élargit sans cesse, au-delà des premières équipes sélectionnées. « Nous déjà avons fait un recensement », indique Gilles Bloch, PDG de l’Inserm, qui se dit « très impressionné » par la mobilisation des chercheurs, qu’ils soient universitaires, ou qu’ils appartiennent à l’ensemble des organismes publics français, dont une des spécificités est d’associer les scientifiques au sein d’unités mixtes. « Il y a déjà soixante laboratoires dans l’action ou dans une préchauffe très active. Cela représente plusieurs centaines de personnes, aussi bien dans les laboratoires que dans les centres d’investigation clinique », qui accompagnent l’évaluation de traitements et des dispositifs médicaux.

Un appel à volontaires va être lancé auprès des personnels de laboratoire pour relayer dans les essais cliniques les hospitaliers, afin que ceux-ci puissent se concentrer sur les cas urgents.

Si l’Occident a bénéficié de quelques semaines de répit, à l’heure du confinement généralisé, les chercheurs se trouvent ralentis dans leurs travaux. Le sentiment d’urgence n’en est que plus aigu.

C’est particulièrement le cas à l’Institut Pasteur, qui avait été le premier centre en Europe à séquencer le nouveau virus, le 23 janvier. La consigne donnée aux 2 800 personnes (dont 1 800 dans des laboratoires) est celle du télétravail, si possible. « Les activités de laboratoire ont été repositionnées sur la recherche Covid-19 et sur des programmes de recherche prioritaires, dont l’interruption entraînerait la perte d’un nombre important de données ou de matériel », précise Christophe d’Enfert, directeur scientifique de l’Institut. Actuellement, moins de 400 personnes sont physiquement présentes sur le campus. A elle seule, la thématique Covid-19 en mobilise une centaine dans les laboratoires, dont les spécialistes de virologie, qui ont complètement réorienté leurs travaux sur le nouveau coronavirus.

S’y ajoute du personnel des plates-formes technologiques (pour les activités de séquençage génétique, production de protéines et d’anticorps…). De multiples projets de recherche, notamment en épidémiologie et en thérapeutique, sont lancés, dont certains en collaboration avec des équipes nationales ou internationales, américaines notamment. Les chercheurs pasteuriens planchent aussi sur plusieurs approches vaccinales, à partir de différents virus atténués (rougeole, lentivirus) et d’ADN. Ils suivent par ailleurs la piste d’une thérapeutique par des anticorps monoclonaux, qui pourraient bloquer l’infection par le virus.

La plate-forme de séquençage du Centre national de référence des infections respiratoires de l’Institut Pasteur à Paris tourne toujours à plein régime. « Trois techniciens sont là tous les jours, ainsi qu’un ingénieur », rappelle Vincent Enouf, également présent sur le site en tant que responsable adjoint de cet équipement installé depuis 2015 et qui sort 25 000 séquences génétiques de pathogènes chaque année.

L’équipement, qui reçoit le soutien de personnels d’autres laboratoires non concernés directement par le Covid-19, traite une centaine d’échantillons chaque jour pour des analyses qui prennent moins de deux jours. Les séquences sont alors envoyées dans la base de données internationale Gisaid, spécialisée sur les virus grippaux. Le site Nextstrain vient ensuite puiser à l’intérieur, pour aider les chercheurs à visualiser en temps réel les évolutions génétiques du virus. Des dizaines de pays ont fourni leurs séquences permettant des analyses géographiques et temporelles.

Outre le fonctionnement de l’équipement de séquençage, Vincent Enouf doit aussi gérer la logistique d’envoi de kits diagnostiques et de réception des échantillons et des demandes. Il doit encore veiller aux approvisionnements en réactifs qui viennent de divers fournisseurs, notamment étrangers. « On essaie de se coordonner avec les autres équipes. Il faut éviter les redondances, tout en laissant les chercheurs avancer sur leurs propres pistes », plaide Christophe d’Enfert. Côté financement, l’Institut Pasteur se tourne notamment vers l’ANR et des fonds européens. Une collecte auprès du public, lancée dès février, va permettre de couvrir des projets propres de l’Institut, et dans son réseau international.

 

Autre pôle majeur, l’Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP). Elle a créé un comité de pilotage spécial Covid pour recenser les recherches déjà en cours et les organiser, en lien avec REACTing. « L’objectif est de mettre en place dès maintenant les principales études pour explorer le Covid dans toutes ses dimensions : en virologie, thérapeutique, imagerie, psychiatrie, sociologie », énumère le cardiologue Philippe Gabriel Steg, qui copréside ce comité avec l’infectiologue Yazdan Yazdanpanah.

Les procédures administratives sont accélérées. L’accord d’un comité d’éthique pour une recherche peut ainsi être obtenu en vingt-quatre heures, souligne le professeur Steg. En attendant les financements provenant des appels d’offres publics, qui devraient prendre deux à trois semaines, les projets Covid démarrent avec les moyens du bord, les fonds d’amorçage de REACTing, le redéploiement des ressources de l’AP-HP, mais aussi le soutien de fondations, dont celle de l’AP-HP, qui permettent de mobiliser immédiatement et de façon souple de l’argent.

« Le message important est de raccourcir le cycle de la recherche pour qu’elle puisse aider rapidement aux décisions des infectiologues et réanimateurs », indique Philippe Ravaud, directeur du Centre de recherche épidémiologie et statistique (Cress, Inserm-université de Paris). « Toute la communauté scientifique se mobilise, à l’échelon national et international, avec un profond sentiment d’urgence, avec une accélération incroyable des recherches », poursuit Philippe Ravaud, qui cite des réunions en visioconférence permettant de définir très rapidement des protocoles. (…)

Il travaille aussi, en tant que président du conseil scientifique de la Cochrane (une organisation internationale, fondée en 1993 par quatre-vingts chercheurs et médecins indépendants, qui évalue les médicaments), sur la mise en place d’un « living mapping » de la recherche thérapeutique en temps réel, c’est-à-dire de tous les essais cliniques en cours, en sachant quelles molécules, dans quelles indications, pour quelles populations, afin d’aider les chercheurs et les cliniciens à connaître les recherches déjà en train. A ce stade, près de 500 essais cliniques sont lancés.

Une première version de ce projet, piloté par Cochrane France et le laboratoire Cress, est disponible depuis le 23 mars et sera mise à jour ensuite tous les trois jours. « L’étape suivante visera à extraire les résultats de tous ces essais dès qu’ils seront disponibles et à les synthétiser pour réaliser une “Living Network Meta-Analysis. » L’objectif étant, là encore, de disposer au plus de vite de recommandations en temps réel de prise en charge des malades basées sur ces essais, poursuit Philippe Ravaud.

 

La recherche collaborative est aussi mise à profit, notamment au sein d’une plate-forme récente, Just One Giant Lab (JOGL). Le 10 mars, ses fondateurs ont lancé un nouveau défi autour de la réalisation de tests diagnostiques rapides et librement diffusables. « Des alternatives seront nécessaires face à la crise, en plus des mesures institutionnelles. C’est pourquoi nous essayons de développer un test simple à mettre en œuvre », explique Thomas Landrain, cofondateur de JOGL. Cela passerait par exemple par l’utilisation d’équipement de laboratoires académiques, comme les dispositifs permettant d’amplifier les séquences génétiques.

Le protocole pourrait aussi servir à de la veille environnementale pour surveiller la diffusion du virus en dehors des personnes infectées. Un noyau de 500 personnes environ réfléchit déjà à ces questions, dont un tiers sont des experts en biologie, un autre tiers étant constitué de développeurs, codeurs, designers, le tiers restant rassemblant diverses bonnes volontés. « Il nous faudra sans doute encore deux semaines de mises au point et une semaine de validation, pour laquelle nous comptons sur des laboratoires universitaires », ajoute Thomas Landrain. JOGL héberge aussi d’autres idées, comme la réalisation de masques par impression 3D ou des respirateurs « bricolés », ou bien des méthodes de prédiction d’apparition de symptômes… « Nous essayons de casser les barrières et de tester des idées rapidement », résume Thomas Landrain.

 

Coronavirus : comment la communauté scientifique se mobilise, Le Monde, 24 mars 2020

L'image du savant solitaire : Didier Raoult

L'image du savant solitaire : Didier Raoult

Document 2. Pourquoi Didier Raoult est-il si critiqué ?

 

Didier Raoult est  virologue à la réputation mondiale. Dans les années 1980, ses travaux sur les rickettsies, des bactéries à l'origine notamment du typhus, font sa renommée, tout comme l'identification, en 2003, du virus géant Mimivirus. En 2010, l'ensemble de sa carrière lui vaut le Grand prix de l'Inserm.

Pour Didier Raoult ; l’association de l'hydroxychloroquine et de l'azithromycine, lorsqu'elle commence immédiatement après le diagnostic, est un traitement sûr et efficace contre le Covid-19, avec un taux de mortalité de 0,5%". Il que ce traitement "évite les complications et élimine la persistance du virus et la contagiosité dans la plupart des cas"

 

Sa méthodologie ne répond pas aux normes scientifiques. La dernière étude mise en ligne sur le site de l'IHU de Marseille n'est constituée que d'un résumé ("abstract") de moins de deux pages et d'un tableau récapitulatif des principales données. Il manque l'étude complète, ce qui rend difficile l'évaluation des travaux. "Ce n'est pas une publication scientifique", juge ainsi un infectiologue sous couvert d'anonymat.

Autre critique récurrente : comment se fait le tri des patients étudiés, qui bénéficient du traitement ? Sur "38 617 patientstestés par l'IHU Méditerranée "entre le 3 mars et le 9 avril", "1 061 patientsont été retenus pour l'étude parce qu'ils répondaient aux "critères d'inclusion". Ces critères ne sont pas précisés, mais le soupçon plane : les malades les plus atteints ou les plus à risque ont-ils été écartés ?

Enfin, il n'y a pas de groupe témoin (sans traitement), auquel on puisse comparer l'échantillon traité. Or, explique le site suisse de vulgarisation scientifique Heidi News, pour montrer qu'un traitement est efficace, "le standard est ce qu'on appelle l'essai contrôlé randomisé, où l'on doit répartir de façon aléatoire (tout en harmonisant des variables pouvant affecter l'issue de l'essai, comme l'âge des patients) les participants d'un essai entre deux groupes : ceux recevant un placebo et ceux recevant le traitement que l'on cherche à évaluer, et tous dans les mêmes conditions. Ce n'est pas le cas". 

 

 

Anne Brigaudeau, Coronavirus : l'article à lire pour comprendre le débat sur la chloroquine, Franceinfo.fr,18 avril 2020

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